Вообще, использовать стандартный JavaScript alert даже для отладки — плохая идея. Для сообщений есть отличные окошки из Bootstrap JS или jQueryUI, для отладочной информации — console.log. Но иногда нужно написать окошко очень-очень быстро. Например, сдать бета-версию приложения, а окошко потом переделать. В браузерах, основанных на WebKit (Chrome, Safari, JavaFX WebEngine) открытый alert считается чрезвычайным событием…